开题报告内容：
一、课题解决的问题
了解分子动力学模拟的基本信息，熟悉分子动力学模拟的操作与运用。熟悉gromacs软件在linux系统下的使用方法。根据已有的报道了解关于T4 lysozyme相关信息，以及与配体之间的相互作用。通过分子动力学的模拟来探索和分析该蛋白与配体的作用关系，以及配体对该蛋白的构象的影响等。
二、研究方法和技术路线
研究方法：利用分子动力学的方法，在linux系统下，使用gromacs软件对T4溶菌酶和其配体复合物进行模拟。对模拟后的数据进行分析，从而得出T4溶菌酶与配体之间的作用关系，以及配体对蛋白的构象的影响。
技术路线：1、查阅T4溶菌酶和分子动力学相关文献。
2、在PDB数据库中，找到目标蛋白和小分子复合物晶体。
3、构建模拟体系
4、进行模拟：1）能量最小化 2）平衡 3）模拟产生数据
5、数据分析
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